ダラダラ残業をやめさせるため、残業を申告制にしたところ、申告していないのに残って仕事をしている者が多数出てきてしまいました。
その分の賃金は支払っていません。どうすれば改善できるでしょうか。

申告できない残業がなぜ生じてしまうのか、原因をヒアリング調査しましょう。

結果を踏まえ、会社として改善できるところは改善し、本人の問題である場合は残業を申告制にした意図をもう一度確認させましょう。