うちの会社では、基本給には残業代を含めている、という形で従業員に提示しています。
何か問題はあるでしょうか。

本来の「基本給」と「残業代にあたる部分」の内訳、また、残業として何時間分を含んでいるのかということを従業員がわかるようにする必要があります。